例如，如果您使用 php 来访问数据库，除非数据库本身有内建的访问控制，否则您将使得数据库能够被用户"nobody"访问。这意味着恶意的脚本能够访问并修改数据库，甚至不需要用户名和密码。网络黑客无意中访问到了数据库管理员的 web 页面并通过这里删除所有的数据库是完全有可能发生的。
您可以利用 apache 的认证机制来防止这些的发生，或者也可以利用 ldap 或 .htaccess 文件等来设计您自己的访问模式，并将这些代码包含为您 php 脚本的一部分。
通常，一旦安全机制建立并使得 php 的用于（在这种情况下，为 apache 用户）仅为此承担很小的风险时，我们发现 php 此时被禁止往用户目录写入任何文件，或者还有可能被禁止访问和更改数据库。无论往防止的对象中写入文件的好坏以及进入的数据库事务的好坏，其安全性都是同等的。
在这个时候，一个频繁出现的安全错误是给 apache root 权限，或者用其它方法提升 apache 的能力。
给 apache 用户赋予 root 权限是及其危险的，而且有可能会连累整个系统。因此，进行 sudo、chroot，或者以 root 账号运行等操作不应该考虑让那些非安全专家来执行。 还有一些更简单的情况。您可以使用 open_basedir 来控制和限制 php 能够使用的目录。您还可以建立 apache 的专用区域，以将所有基于 web 的活动都限制到非用户、系统和文件。
3、把php解析器放在web目录外
一种安全性非常高的方法是把 php 解析程序放置到 web 文件目录树以外的某个地方，例如，放置到 /usr/local/bin。这种做法唯一的弊病就是您现在需要在所有含有 php 标记符文件的第一行添加类似于以下的内容：
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您需要使得这些文件成为可执行文件。也就是说，像对待任何其它 cgi 脚本一样来对待它们。这些 cgi 脚本可能是用 perl、sh 或者任何其它使用的 #! shell-escape 机制来启动它们自身的脚本语言来编写的。要使这个方法中 php 能够正确处理 path_info 和 path_translated 信息，在编译 php 解析器时必须使用配置参数--enable-discard-path。下面是一个能作为cgi程序运行的php脚的例子。
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4、最后将php请升级为最新稳定版本：4.3.8。
在php 4.1中，添加了一组特殊数据以访问外部数据。这些数组可以在任何范围内调用，这使得外部数据的访问更方便。在php 4.3.8中，register_globals被默认关闭以鼓励使用这些数组以避免无经验的开发者编写出不安全的php代码。作出这样的变化是出于安全性的考虑的。
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